合成生物催化剂摘译自: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fbioe.2021.768289/full

近年来,微生物细胞工厂的快速发展,一定程度上得益于计算机辅助设计工具的进步。截至目前,研究者们开发了很多独立的软件工具,可用于载体DNA的组装、基因组编辑和序列验证等工作,但仍然缺乏能够为整个基因组修饰过程提供一站式服务的完整工具平台。

近日,天工所马红武廖小平等开发了一个名为GEDpm-cg的免费在线工具,可用于自动化设计谷氨酸棒杆菌基因组点突变,为广大科研工作者带来福音。相关研究成果以题名为“GEDpm-cg: Genome Editing Automated Design Platform for Point Mutation Construction in Corynebacterium glutamicum”,发表在《生物工程和生物技术前沿》杂志(frontiers in Bioengineering and Biotechnology)。

该工具的设计原理:

点突变编辑基于自杀质粒pK18mobsacB介导的二次重组,目的点突变通过重叠DNA组装法引入。该平台可提供用于基因修饰、载体DNA组装和测序验证所需的全部引物,可满足点突变修饰的所有实验需要。

该平台的优点:

1.  用户友好,可直接网页方式进入,无需安装或更新软件。

2.  可对基因组任意位置的单核苷酸进行编辑,不受位点限制,严格精准,不引入其他非目的突变。

3.  省时高效,5分钟内可以完成超过10000个单点突变的电子设计任务。

实施例:

在谷氨酸棒杆菌ATCC 13032中成功构建了三个独立基因的点突变(adhA, ald, ldhA),平均编辑效率45.45%,与双交换(即二次重组)基因编辑的理论值(50%)相当,证实了电子设计结果可以准确无缝地与体内或体外实验衔接。

总结:该平台通过机器人/软件辅助系统,为谷氨酸棒杆菌的大规模点突变分析提供了一个用户友好、功能强大且灵活的一站式在线工具。

GEDpm-cg网页地址https://gedpm-cg.biodesign.ac.cn/

 

设计原理:

 


工作流程:

 

 

 

 

(胡丹  摘译)

 


地址:浙江省湖州市红丰路1366号 湖州市南太湖科技创新中心1-3楼 邮编:313000
电话:0572-2165708 传真:0572-2165708 Email:info@cibt.ac.cn

Powered by PageAdmin CMS